Metagenomiğin belirli bir ortamda yaşayan tüm mikroorganizmaları ve genomlarını hedefleyebilme yeteneği sayesinde, bilim insanları mikrobiyal evrenin ekolojisini, evrimini, çeşitliliğini ve en önemlisi de işlevlerini artık daha iyi anlıyorlar.
Metagenomik: “saklı genlerin” aralanması
Tek bir organizmadan tüm genleri hedefleyen bir dizileme hizmetinden ziyade, shotgun metagenomik dizileme ile siz ortaklarımıza çevresel örneklerinizde bulunan TÜM organizmalardan TÜM genlerini hedefleyen bir yaklaşım sunuyoruz.
Shotgun metagenomik dizileme çevresel örneklerden izole edilen DNA’nın fragmentasyonunu ve yeni nesil dizileme ile dizilemesini içermektedir. Mikroorganizmaların izolasyonuna ve kültüre edilmesine ihtiyacınız olmadığı gibi, hedef gen bölgelerini in vitro amplifiye etmeniz de gerekmez.
Shotgun metagenomik dizileme düşük maliyeti ve yüksek getirisi ile oldukça avantajlı bir dizileme yaklaşımı olarak karşımıza çıkmaktadır.
Mikroorganizmaların neredeyse %99 kadarı laboratuvar ortamında kültüre edilememektedir.
Uygulama alanları
Yalnızca tür kompozisyonu ve bolluğu hakkında bilgi sağlamayıp; gen işlevleri, yeni gen tahminleri, metabolik yolaklar ve mikrobiyal etkileşimler hakkında da bizlere yadsınamaz düzeyde önemli bilgi sağlamaktadır.
-
Mikrobiyal kompozisyon ve fonksiyon annotasyonu
-
İnsan sağlığı, et ve süt ürünü iyileştirilmesi, tarımsal üretim, enerji sentezi ve çevresel geri kazanım ile ilişkili bakterilerin belirlenmesi
-
Endüstriyel öneme sahip yeni enzimlerin tanımlanamsı ve izole edilmesi için ekstrem ortamlardaki mikroorganizmaların genetik yapı ve metabolizmalarının derin araştırılması
-
Yeni ilaçların geliştirilmesi için mikrop konak ilişkisinin araştırılması
-
Mikrobiyal komünitelerin daha geniş bir ölçekte gözlemlenmesi ve takip edilmesi
Örnek Gereksinimleri
Normal örnekler
Genomik DNA ≥ 1.5μg
Konsantrasyon ≥ 20 ng/μl
Hacim 15 μl
Az miktarda örnekler
Genomik DNA ≥ 200 ng
Konsantrasyon ≥ 2.5 ng/μl
Hacim 15 μl
Dizileme Standartları
Seçilen dizileme stratejisine bağlı olarak ≥ Q30 kalite skoruna sahip bazların ≥ %80'ine kadar
Önerilen dizileme kapsamı, örneğin karmaşıklığına bağlıdır.
